22세기 초, 핵전쟁이 벌어져 지구는 황무지로 변해 버렸다. 그나마 살아남은 소수의 인류가 도시국가 형태인 세토스를 건설, 인류 부흥 계획을 진행 하던 도중 수만년 동안 맨틀층에 숨어 지내던 잠재 생명체 아트만과 접촉하게 되고 지구의 생존권을 놓고 충돌하게 된다. 아트만의 침공을 막기 위해 세토스의 병력이 모두 녹색 황야에 집중된 사이, 세토스의 치안담당관이자 세토스의 중요 기갑전력인 아르마딜로 부대와 공군을 지휘하던 모노스타 장군이 반란을 일으켜 세토스를 손에 넣는다. 하지만 모노스타의 반란을 예견한 세토스의 여왕 이지스는 짜라스트로 박사에게 리아의 탈출을 명령하고 리아는 탈출을 하게 된다. 모노스타에 의해 감옥에 갇혀 있던 소년 아틴은 모노스타가 상황실로 가기 위해 자리를 비운 사이 탈옥에 성공한다. 탈옥에 성공한 아틴은 리아와 만나게 되고, 리아를 속여 고향으로 돌아가는데 성공하지만 고향은 이미 아트만에 의해 오염되었고 리아가 가진 피리인 플루오가 아틴과 공명, 고대의 영혼기병 중 하나인 가이런을 움직이는 데 성공한다. 가이런의 기동을 확인한 짜라스트로 박사는 고대 문명이 남긴 아트만의 기계병을 상대할 강력한 전력인 소울프레임 병기 가이런과 행성 환경 전환 시스템 지오데카가 특정 유전자에 반응한다는 가설이 맞아 떨어졌음을 알게 되고 아틴에게 지오데카의 탐색팀에 참여할 것을 권유하게 된다.